Nærings- og handelsdepartementet startet Merkur-programmet som et tre-årig prøveprosjekt. I 1998 ble programmet overført til daværende Kommunal- og regionaldepartementet og ble et av virkemidlene i distriktspolitikken.

Merkur var fra starten og fram til 2019 knyttet til konsulentfirmaet Mentor i Førde, og hadde Helge Schei som daglig leder.

I 2019 ble programmet en del av Distriktssenteret (Kompetansesenter for distriktsutvikling), som også er underlagt Kommunal- og distriktsdepartementet. Distriktssenteret arbeider for å gjøre det attraktivt å bo og jobbe i distrikta og har distriktskommunene som sin målgruppe.

Målsettingen med Merkur-programmet har hele tiden vært å sikre innbyggerne i distrikta tilgang til en nærliggende dagligvarebutikk med god kvalitet og med tilleggstjenester som øker omsetningen, sikrer videre drift og gir innbyggerne i lokalsamfunnet bedre tjenester.

Navnet Merkur er en forkortelse for Merkantilt kompetanseprogram for utkantbutikkene i regionene, som var det opprinnelige navnet på utviklingsprogrammet.

I 2008 ble det i samarbeid med Bokhandlerforeningen etablert et eget kompetanseprogram for bokhandler i distriktet (Merkur bok), etter mønster fra programmet for dagligvarebutikker.

I 2010 ble det etablert en statlig tilskuddsordning for dagligvarebutikker, for å modernisere og styrke butikkene. I 2012 ble det også etablert en ordning med investeringsstøtte for drivstoffanlegg, for å sikre tilgang på drivstoff i distrikta. I 2017 kom en ordning med servicestøtte til de aller minste butikkene, pluss en ordning med utviklingsstøtte til bokhandler.

Merkur-programmet har de siste årene hatt et budsjett på ca. 60 millioner kroner til kompetanseprogrammet og støtteordningene.